Guerra de Algodão conta a história de João, um garoto de 11 anos, que passará por um ritual de amadurecimento. Muito protegido até então, com uma ligação muito forte com sua mãe, João terá que passar as férias no apartamento dos avós, que está localizado em um condomínio de prédios de classe média em Salvador.
Lá, ele terá que se esforçar para fazer novas amizades e sobretudo conquistar a confiança de Lia, menina de 12 anos, líder da turma e dona de uma personalidade muito forte. Em princípio, João acredita que pode buscar algum tipo de proteção por parte dela e, de certa forma, substituir a figura materna. Mas, logo ele compreenderá que se trata de uma outra natureza de relação. Assim, em pouco tempo o garoto terá chance de experimentar um grande aprendizado.
Ao longo da história, os personagens centrais irão enfrentar questões que nos acompanham durante toda a vida: disputa pelo poder e território, ciúmes, competição, admiração, amizade e solidariedade. Sentimentos que são experimentados desde muito cedo e que surgem quando o encontro com o outro acontece.
Todo o aprendizado de João terá em seu avô, Araquém, um mentor. Ele irá aconselhar o pequeno em seus momentos mais delicados e o ajudará nessa nova etapa de sua vida. Através de Araquém, por fim, João vai se deparar, também, com o maior de todos os aprendizados: que a morte também faz parte da vida.
Em Guerra de Algodão, a experiência da infância mescla-se às questões limites do homem. Trata-se de um filme carregado de afetividade e de situações universais. Teremos um filme feito para a família, mas com momentos de tensão e adrenalina. O longa- metragem tem como alvo o público infanto- juvenil, mas pretende comunicar, também, com pessoas de todas as idades.